A.js
var hoge = window.onload;
window.onload = function() {
if(hoge != null) hoge();
alert("ここでなにかする");
}
B.js
var hage = window.onload;
window.onload = function() {
if(hage != null) hage();
alert("さらになにかする");
}
この方法だと window.onload の退避先がグローバル変数になってしまっているので、名前が被らないように注意する必要があります。